Mocą “Rozporządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dnia 16 września 2016 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie narodowego zasobu bibliotecznego” zbiory zabytkowe elbląskiej książnicy zaliczone zostało do narodowego zasobu bibliotecznego.
Zbiory zabytkowe Biblioteki Elbląskiej stanowią nieoceniony materiał do badań – historycznych ze szczególnym uwzględnieniem historii regionu, bibliologicznych, oprawoznawczych, nad proweniencją księgozbioru i nad historią książki. Do narodowego zasobu bibliotecznego zaliczonych zostało 9022 wol.: rękopisy, inkunabuły (spośród których 14 woluminów to jedyne egz. w Polsce) oraz stare druki (XVI-XVIII w.).
Narodowy zasób biblioteczny stanowią, w całości lub części, zbiory bibliotek mające wyjątkową wartość i znaczenie dla dziedzictwa narodowego, są unikatowe i mają dużą wartość historyczną, naukową, kulturalną lub artystyczną. Zbiory te podlegają szczególnej ochronie. Oprócz Biblioteki Elbląskiej do Narodowego Zasobu Bibliotecznego należą zbiory bibliotek: Biblioteki Narodowej w Warszawie, Biblioteki Jagiellońskiej w Krakowie, Biblioteki Naukowej Polskiej Akademii Umiejętności i Polskiej Akademii Nauk w Krakowie, Biblioteki Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu, Biblioteki Zakładu Narodowego im. Ossolińskich we Wrocławiu, Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej im. Witolda Gombrowicza w Kielcach, Biblioteki Śląskiej w Katowicach, Biblioteki Rolniczej im. Michała Oczapowskiego w Warszawie, Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej im. Hieronima Łopacińskiego w Lublinie, Biblioteki Uniwersyteckiej w Toruniu, Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej – Książnicy Kopernikańskiej w Toruniu, Biblioteki Uniwersyteckiej Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II.
Projekty związane z ochroną zabytkowego księgozbioru, który w latach 2000-2002 powrócił do Biblioteki Elbląskiej z depozytu Biblioteki Uniwersyteckiej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika, realizowane są nieprzerwanie od roku 2008. W ich ramach powstały nowoczesne pomieszczenia magazynowe do przechowywania zbiorów i Pracownia Konserwacji, gdzie księgozbiór zabytkowy poddawany jest konserwacji zachowawczej, a po zabezpieczeniu jest digitalizowany i udostępniany w wersji cyfrowej za pośrednictwem Elbląskiej Biblioteki Cyfrowej. Zdigitalizowane zbiory prezentowane są również za pośrednictwem Elbląskiego Wortalu Historycznego – katalogu historii i kultury miasta Elbląga, gdzie znajdują się opracowania tychże zbiorów w formie artykułów i opisów.
